當溶劑與流動相起始有機相比例有差異時，在不同儀器上會呈現出不同的檢測效果。

圖中為同一個項目在兩臺不同儀器上的檢測效果。該項目的溶劑為50%乙腈，流動相起始比例為25%乙腈。圖1為在柱前管路內徑較大的儀器上的效果圖，圖2為內徑管理較細的儀器上的效果圖。較大的管路內徑使樣品在進柱子前得到充分的混合，消除了溶劑效應，呈現比較好的峰型。這種有溶劑效應的項目，可以通過使用較粗的管線的儀器，或降低進樣量的方法來解決，當然，更加保險的方法就是把樣品溶劑更換后與初始流動相極性更為接近的溶劑。

進樣量過大，進樣閥-色譜柱-檢測器之間、檢測池、接頭體積大，都會引起柱外效應，導致峰型異常。因此，這類樣品，在方法中需對儀器的要求更加詳細。

緩沖液選擇不正確，如緩沖鹽濃度太低、超出有效的緩沖pH值范圍，都可能導致重現性不好的情況。有些對pH值特別敏感的樣品，流動相的pH值的細微變化都會導致無法重現。這類樣品，在緩沖液選型時應特別注意緩沖的的緩沖范圍和濃度，以保證流動相體系能給樣品檢測提供一個穩定的pH值。

有些樣品對有機相的變化特別敏感，這類樣品，建議流動相選擇在線混合。

很多樣品都會因柱溫變化而產生不同的選擇性。因此，如果不用柱溫進行控制，會導致樣品因柱溫的變化而產生重現性問題。建議在方法開發時，對柱溫進行±10℃溫度 的耐用性進行驗證，如對柱溫變化敏感的，應把檢測柱溫列入方法。

此外，還有柱平衡慢，柱超載、儀器故障等問題也會造成方法無法重現。